1.    Contamination prevention and decontamination : contaminomics
Ancient DNA is highly degraded and its research is therefore characterized by extreme technical difficulties. In order to analyze efficiently and reliably the few and very short DNA molecules that are preserved in ancient samples, one needs to overcome the problems due to the contamination with modern environmental DNA. We have developed an expertise in the establishment of genuine procedures for the study of ancient DNA to prevent and eliminate contaminations, minimise PCR inhibition and reduce amplification errors.

2.    Taphonomie moléculaire
Nous étudions les processus chimiques permettant la préservation de l’ADN dans les tissus calcifiés fossiles des mammifères en caractérisant de manière systématique les transformations moléculaires affectant les biomolécules au cours de la fossilisation. Ceci vise à servir aux développements méthodologiques de l’analyse de l’ADN ancien afin de pouvoir repousser les limites de son analyse aussi bien dans le temps que dans l’espace. Une partie de cette recherche s’effectue par spectrométrie à haute résolution (FTICR, 12 Tesla) en collaboration avec des chimistes de la matière organique naturelle du Helmholtz Center à Munich, Allemagne, des ossements qui ont été caractérisés génétiquement au préalable et établissons actuellement les corrélations entre des divers facteurs environnementaux et la préservation de l’ADN.

3.    Impact sur la préservation de l’ADN des traitements des os pendant et après la fouille
Préalablement à cette recherche, nous avons pu montrer que l’ADN peut se dégrader rapidement après le prélèvement lors de la fouille si les conditions ne sont pas adéquates (Pruvost et al., 2007).