Nous analysons différents marqueurs génétiques, particulièrement l’ADN mitochondrial, pour retracer l’évolution de différentes espèces du Pléistocène à nos jours sous l’influence de l’homme. L’analyse de ces marqueurs dans un grand nombre d’individus à différentes périodes et positions géographiques nous permet de reconstituer l’histoire de l’évolution des populations animales lors de processus comme la domestication.

Nous avons particulièrement étudié l’évolution des populations bovines pendant les derniers 10.000 ans depuis le début du Néolithique en Asie du Sud-Ouest ainsi qu’au long de la migration néolithique en Europe. Dans un premier temps, nous avons analysé grâce aux collaborations avec des archéozoologues de 10 pays différents un grand corpus d’ossements bovins originaire du pourtour méditerranéen.

Nos efforts méthodologiques nous ont permis d’obtenir des résultats très intéressants même à partir d’ossements de régions géographiques qui n’ont pas encore permis l’obtention de résultats paléogénétiques. En effet, nous avons pu déterminer que les bœufs ont été domestiqués en Asie du Sud-ouest en grand nombre et que les migrations néolithiques au cours desquelles ils ont été diffusés en Europe n’étaient pas à l’origine de la réduction de leur diversité.

Cette réduction était plutôt le résultat d’une dégradation climatique importante et rapide qui s’est produite à la fin de l’Âge du Bronze (vers la fin du 2ème millénaire avant notre ère) entraînant l’effondrement d’un certain nombre des civilisations contemporaines. Nos résultats fournissent une contribution importante à une meilleure compréhension du processus de la domestication et sont en préparation de publication (De Lima Guimaraes et al., en préparation).

Nous avons aussi en cours des études de l’histoire génétique des populations de chat et d’ânes lors de leur domestication.

Nous avons aussi étudié la phylogéographie d’espèces en voie d’extinction, d’un côté le guépard (Charruau et al., 2010) et de l’autre l’âne sauvage asiatique E. hemionus (Bennett et al., en préparation). Dans les deux cas, notre étude paléogénétique de spécimens historiques conservés dans des collections d’histoire naturelle ainsi qu’archéologiques a apporté une révision de la taxonomie de ces espèces et des flux génétiques entre populations, suggérant ainsi une révision des politiques de la biologie de conservation.

Dans le cadre de l’étude des ânes sauvages eurasiatiques, notre analyse de spécimens vieux de 100.000 et 12.800 ans a montré que ces animaux ont peuplé la France au Pléistocène et que les représentations de ces animaux dans plusieurs œuvres de l’art pariétal français (par exemple, la grotte de Lascaux) correspondaient bien à une réalité au Pléistocène.

L’étude des équidés anciens nous a aussi amené à analyser des squelettes d’équidés enterrés dans des tombes sumériennes au 3ème millénaire avant notre ère. Nos avancées méthodologiques nous ont permis d’obtenir des résultats génétiques à partir de ces restes malgré la très mauvaise préservation de l’ADN. Ainsi nous avons pu montrer que ces animaux, qui sont représentés sur l’étendard d’Ur, étaient des hybrides entre ânes domestiqués femelles et ânes sauvages syriens mâles (Bennett et al., en préparation). Ce résultat a tranché une discussion de longue date qui n’a pas pu être tranchée sur la base de la morphologie des os et/ou les documents iconographiques et textuels.